กุญแจสำคัญในการจัดการแมลงวันสกปรกทั้งหมดคือการสุขาภิบาล

กุญแจสำคัญในการจัดการแมลงวันสกปรกทั้งหมดคือการสุขาภิบาล การกำจัดแหล่งเพาะพันธุ์แมลงวัน เช่น วัสดุที่ใช้ดึงดูดพวกมันและวางไข่ มักจะเพียงพอที่จะกำจัดและป้องกันการแพร่ระบาดของแมลงวันได้ ในทางกลับกัน หากไม่มีการสุขาภิบาลอย่างถี่ถ้วน วิธีการควบคุมอื่นๆ ก็ไม่มีประสิทธิภาพมากนัก ดังนั้นควรเก็บขยะไว้ในภาชนะที่ปิดสนิท แมลงวัน  (ในถุงขยะและ/หรือกระป๋องที่มีฝาปิดมิดชิด) ถังขยะควรรักษาให้สะอาดที่สุดเท่าที่จะเป็นไปได้ เททิ้งเป็นประจำ และเก็บให้ห่างจากอาคารเท่าที่เป็นไปได้ ควรกำจัดปุ๋ยคอกและพืชและสัตว์ที่เน่าเปื่อยอื่นๆ ทันที นอกจากนี้ควรกำจัดบริเวณที่มีความชื้นมากเกินไปด้วย